开山祖师慧远大师，也是莲宗（净土宗）始祖。由于开山祖师慧远大师的德风远播，吸引了当时社会名流、文人雅士、达官贵人前来朝拜。并携一百二十三位大德高贤不期而至缔结白莲社，专修念佛三昧，尅期取证，悉有往生瑞相。结社念佛之风也因此传播开来，形成了集修行、学术、研究、交流、翻译于一体的中国化佛教的大趋势。据历史记载，大师派遣弟子法领、法净西行取经事迹，并有外来高僧佛陀跋陀罗等，来东林翻译经典。东林寺是佛教净土宗（又称莲宗）的发源地，对一些国家的佛教徒影响较大。
东林寺建寺者为名僧慧远(334～416年)，俗姓贾，山西雁门楼烦(今山西宁武附近)人。他先在西林寺以东结“龙泉精舍”，后得江州刺史桓伊之助，筹建东林寺。慧远在东林寺主持30余年，集聚沙门上千人，罗致中外学问僧123人结白莲社，译佛经、著教义、同修净土之业，成为佛门净土宗的始祖。晚年南游荆州，历住江陵五层寺、琵琶寺。慧远大师对释、儒、道文化深谙其中，他将古印度文化和中国文化融会贯通，专弘净土，潜护诸宗，成为当时南方佛教的领袖人物。远公创建的白莲社，使得念佛之风，很快的进入寻常百姓家，普渡广大众生。一时庐山东林寺成为南方的佛教中心。
与东林寺结缘的名流高士代不乏人,诸如刘遗民、谢灵运、陶渊明、佛陀跋陀罗尊者、孟浩然、智者大师、鉴真大师、韩愈、白居易、柳公权、李邕、王阳明、黄庭坚、周敦颐、王安石、苏东坡、岳飞、陆游、范成大、王守仁、董其昌、王士祯、朱熹、康有为等等。
寺内文物甚多，诸如：唐代尊胜陀罗尼经幢（公元683年），为东林寺现存最古老的石刻；译经台——昔日远公请西域经师来东林寺译经驻锡之地；柳公权残碑；康有为题刻；李邕《东林寺碑》并序。聪明泉，出木池，护法力士,六朝松，谢灵运《庐山慧远法师碑》，王阳明诗碑等。
如此深厚的文化遗产,形成了独特的东林净土文化。今天的净土宗风所及已遍于世界。东林寺与日本、新加坡、美国、加拿大、马来西亚等国家和港、澳、台地区佛教界来往频繁，借净宗文化搭建起一座对外交流的金桥，沟通着不同国家、地区、民族之间的联系，泽被四方。
一般寺院的主殿称为大雄宝殿，“大雄”是对佛祖释迦牟尼的尊称。佛有大力能伏“四魔”。但东林寺的主殿称“神运宝殿”这是什么缘故？相传慧远初到庐山西麓时，选择结庐之处，认为东林寺址在丛林之中,无法结庐。打算移到香谷山去结庐。夜梦神告：“此处幽静，足以栖佛”。是夜雷雨大作，狂风拔树。翌日该地化为平地，池中多盛良木，作为建寺之材。“神运”之名，由此而来。
慧远平时交游甚广，但专志修行，影不出门，即使送客，也不超过寺前小溪，过溪则寺前护寺虎吼叫。有一天，慧远与诗人陶潜、道士陆修静谈得投机，送别时竟越过小溪，护寺虎大声吼叫，三人闻声大笑。此即“虎溪三笑”。后慧远将客厅改称三笑堂。
寺前有“聪明之泉”。聪明泉原称古龙泉。相传慧远初到庐山，拟择地建寺。但不知何处为好。于是慧远在此以杖叩地，井冈道：“若可居，当使朽壤抽泉”。言毕，清泉果然涌出。后遇大旱之年，慧远在泉边诵念《龙华经》，以祈甘霖降世，见神蛇腾泉而出，大雨即倾盆而下，此即古龙泉泉名之由来。江州刺史殷仲堪来寺，与慧远谈论《易经》于泉旁。殷仲堪博学善辩，口若悬河。慧远非常钦佩他的口才，于是说：“君之辩如此泉涌”，从此古龙泉改称聪明泉。今游人对聪明泉倍感兴趣，往往投币许愿，成为一处人文景观。
在东林寺，俗客可与僧众共进素斋，尝尝做和尚的滋味。游客步入斋堂，男先女后，男居右，女居左，齐齐而坐，不能紊乱，不能出声。食前由众僧膜拜诵经，主持立于佛祖像前，其余僧众左右排列，又是叩首，又是鼓乐，充满了美妙庄严独特的佛国气氛。斋饭均为素品，但制作精细，别有滋味。食时不可有声，不可剩余，添饭时以筷子示意，在碗内划圈，自有专司添饭的和尚为你添饭。膳毕，碗筷摆放整齐，由侍立的憎人取去，僧众又在主持的带领下再膜拜诵经一番，之后向“俗客”道一番祝词，然后退出斋堂。
唐代鉴真东渡扶桑的故事，恐怕尽人皆知，但了解鉴真到过东林寺的事未必都知。唐天宝元年（742年），鉴真在扬州大明寺为众讲律，日本僧荣睿和普照祈请东渡传戒。鉴真接受邀请，六次东渡日本，最后一次取得成功。鉴真第五次东渡时在唐代天宝七年（748年）春，从扬州出发，经过无数险阻，竟被漂到海南岛的振州（今崖县），东行经万安州（今万宁），渡海至雷州。经广西藤州、梧州至桂州（今桂林市）。是时双目失明。天宝九年，经大庚至江西虔州、吉州，北行至江州（今九江市）。途经东林寺，在东林寺停留，与东林寺僧人智恩志同道合，最后一次东渡时智恩共行，将东林寺教义传入日本。扬州高借鉴真东渡日本之前,曾来过东林寺,后偕东林寺僧智恩同渡日本,慧远和东林净土宗的教义也随之传人日本,至今日本东林教仍以庐山东林寺慧远为始祖。
