复次曼殊室利。若诸有情。好喜乖离更相斗讼恼乱自他。

　　以身语意造诸恶业。展转常为不饶益事。

　　互相谋害告召山林树冢等神杀诸众生取其血肉祭祀药叉罗刹神等。

　　书怨人名或作形像。以恶咒术而咒诅之。

　　厌魅蛊道咒起死尸。令断彼命及坏其身。

　　是诸有情若得闻此药师琉璃光如来名号。彼诸恶缘悉不能害。

　　一切展转皆起慈悲。利益安乐无.损恼意及嫌恨心。于自所有常生喜足

　　时彼世尊入三摩地。名曰灭除一切众生苦恼。

　　既入定已。于肉髻中出大光明。光中演说大陀罗尼咒曰

　　南谟薄伽伐帝鞞杀社窭噜薜琉璃钵喇婆曷罗闍也

　　呾他揭多也阿罗喝帝三藐三勃陀也

　　呾侄他

　　唵 鞞杀逝 鞞杀逝 鞞杀社 三没揭帝莎诃

　　尔时光中说此咒已。大地震动放大光明。一切众生病苦皆除受安隐乐。

　　曼殊室利。若见男子女人有病苦者。

　　应当一心为彼病人清净澡漱或食或药或无虫水咒一百八遍与彼服食。

　　所有病苦悉皆消灭。若有所求指心念诵。皆得如意无病延年。

　　命终之后生彼世界。得不退转。乃至菩提。

　　是故曼殊室利若有男子女人。于彼药师琉璃光如来。

　　至心殷重恭敬供养者。常持此咒勿令废忘

　　药师咒义:

　　<南谟>译皈依,或敬礼.

　　<薄伽伐帝>,即薄伽梵,世尊之义.

　　<鞞杀社窭噜>,即药师.

　　<薜琉璃钵喇婆曷罗闍也>,即琉璃光.

　　<呾他揭多也>,即如来.

　　<阿罗喝帝>,译应,即应供.

　　<三藐三勃陀也>,译正等正觉.

　　故连合之,即<皈依世尊药师琉璃光如来应供正等正觉>.

　　<呾侄他>乃是即说咒曰之义.

　　自唵至莎诃,方是药师咒之正文

　　<唵>字应读<翁>音

　　咒为总持,<唵>为总持之总持,故一切经咒,皆冠以<唵>字

　　<鞞杀逝 鞞杀逝>,为药之,药之之义,是医治义,做动词用.

　　<鞞杀社>,为药义,当名词.

　　<鞞杀逝 鞞杀逝 鞞杀社>,合为<以药药之>之药.

　　<三没揭帝>,即普度之义.

　　<莎诃>,为速疾成就之义.

　　故连合之,即<以药普渡一切众生病苦之大愿速得成就>.

　　全咒之义为

　　<皈依世尊药师琉璃光如来应供正等正觉

　　以药普渡一切众生病苦之大愿速得成就>

　　节录自<药师本愿经讲记>-太虚大师着

　　南无佛陀耶 南无达摩耶 南无僧伽耶